De Drie Polders is een onderdeel van het natuurnetwerk. Het grootste deel van dit natuurnetwerk in De Drie Polders is al natuurgebied. Staatsbosbeheer voert het beheer uit met hulp van pachters. Of dit in de toekomst nog mogelijk is, is afhankelijk van het gekozen natuurstreefbeeld en de daarbij behorende waterhuishouding. Staatsbosbeheer bepaalt zelf in welke mate zij de samenwerking met agrariërs op zoekt, of zij het beheer in pacht uit geeft en onder welke voorwaarden. In het deel van De Drie Polders buiten de aanwijzing natuurnetwerk blijft landbouw mogelijk.